目前并没有官方文件明确表明卫生部取消了次氯酸消毒，但2010年曾发布公告称取消以次氯酸钠为主要有效成分的消毒剂和以戊二醛为主要有效成分的消毒剂的卫生行政许可，以下是关于次氯酸消毒替代品的介绍：
过氧化氢银离子复合型消毒剂
优点具有强效杀菌作用，可快速杀灭多种细菌、病毒和芽孢等微生物，杀菌范围广泛，对环境友好，分解后产生水和氧气，无有害残留，不会对环境和人体造成危害，性质稳定，不易受温度、湿度等环境因素影响，能长期保持杀菌效果，可用于食品加工设备、医疗器械、空气净化、饮用水处理等多个领域。
缺点成本相对较高，可能会限制其在一些对成本敏感的场所的应用。
臭氧消毒
优点杀菌能力强，能够迅速杀灭各种微生物，包括细菌、病毒、真菌、孢子等，且无死角，使用后无化学残留，不会对环境造成二次污染，可对空气、水等多种介质进行消毒，应用范围广泛，如可用于饮用水消毒、污水处理、医院空气消毒、食品车间消毒等。
缺点具有一定的刺激性气味，高浓度臭氧可能对人体呼吸道和黏膜有刺激作用，臭氧发生设备价格较高，且需要专业的安装和维护。
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紫外线消毒
优点属于物理消毒方法，不产生化学物质残留，对环境和人体相对安全，可以连续不间断地工作，能在有人活动的情况下进行动态消毒，适用于一些对消毒连续性要求较高的场所，如医院病房、学校教室、办公场所等，对常见细菌、病毒等有较好的杀灭效果。
缺点只能直线传播，存在消毒阴影区，对于复杂形状或遮挡部位难以完全消毒到位，紫外线灯管有一定的使用寿命，需定期更换。
